Una prisionera da a luz a un bebé en las mazmorras del castillo de la malvada reina Bavmorda (Jean Marsh). Según una antigua profecía, esta niña acabará con el reinado de la perversa hechicera que al más puro estilo de Herodes ordena encarcelar a todas las embarazadas para matar a la niña que nazca con la marca. Pero la madre de la bebé pide ayuda a la comadrona que huye con la niña al bosque. Meses después, atacada por unas criaturas de Bavmorda deja la cuna en el río abajo para salvar a la niña. Ranon y Mims, los hijos de Willow Ufgood (Warwick Davis), un enano del pueblo de los peks, que trabaja como agricultor, descubren a la niña cuando jugaban cerca del río. Desde ese momento el bebé está bajo el cuidado de la familia de Willow. Pero cuando dos terribles criaturas con aspecto de lobos atacan el pueblo de Willow, éste pronto entenderá que el destino de la niña es provocar la caída de la malvada reina Bavmorda y emprende un viaje para lograrlo. El pequeño Willow necesitará ayuda para proteger a la niña y por ello contará con el espadachín Madmartigan (Val Kilmer), la hechicera Fin Razel (Patricia Hayes), Franjean (Rick Overton) y Rool (Kevin Pollak), quienes harán todo lo posible por mantener a salvo a la niña y que la profecía se cumpla.
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