Ben Whishaw se preparó en la Royal Academy of Dramatic Art y se graduó en la primavera de 2003. En 1999, antes de acudir a la escuela de teatro, Ben interpretó dos papeles secundarios importantes en dos películas: The Trench y Mauvaise Passé. Tras graduarse, actuó en Enduring Love, la adaptación cinematográfica de la novela de Ian McEwan, dirigida por Roger Michel.