Jan Kounen nació en 1964 en Utrecht (Holanda). Estudió en las Arts Décoratifs en Niza, Francia donde aprendió cine y animación. Comenzó como reportero para una agencia a la vez que rodaba su primer cortometraje Yellow Death - El Broadword.
En 1989, dirigió Gisele Kerosene, Gran Premio de Cortometraje en el festival de Avoriaz y en 1990, Lage de Plastic para Elmer Foot Beat. Ocupado trabajando en varios proyectos como una versión para la pantalla de una novela de Serge Brussolo o la serie de TV Kerosene Gisele, Jan también dirigió sus primeros vídeos de música para Pauline Ester (Le Monde est Fou), otro video para Elmer Foot Beat (Daniela), vídeos para Chihuahuas y Erasure (Voulez-Vous, Lay All Tour Love On Me). Jan también dirigió mucha publicidad en Francia, Alemania y Reino Unido (Nuts, Peugeot, Tang, Gordon s la Gin, Miko, Adidas ...).
En 1991, Jan Kounen escribió con Carlo de Boutiny Vibroboy y lo dirigió en 1993. (" Prix de la Recherche " concedido en el festival Clermont-Ferrand). Después Capitán X un corto inacabado seguido de Le Dernier Chaperon Rouge, un cortometraje musical con Emmanuelle Beart.
En 1995, dirigió su controvertido primer film Dobermann. Localizando en Mexico y Peru para Blueberry (2003), descubrió el chamanismo y la cultura Shipibo-Conibos, de los que se enamoró. Pasó varios meses allí filmando su largometraje documental Other Worlds (2004). También creó una asociación: Spirit of the Anaconda y una serie de TV de documentales de una hora de duración Another Reality.
