Además de su indudable talento narrativo, Jonathan Demme tiene un peculiar don para trabajar con músicos e intérpretes escénicos. Ha rodado Storefront Hitchcock con Robyn Hitchcock; Swimming to Cambodia con Spaulding Gray; y Stop Making Sense con los Talking Heads. También dirigió en 1985 el video-clip multiestelar de Artists United Against Apartheid, "Sun City", así como diversos video-clips para artistas como Chrissie Hynde, UB40, Suzanne Vega, The Feelies, The Neville Brothers, Steve Earle y Bruce Springsteen. La música juega un papel esencial en su cine y las bandas sonoras de algunas de sus películas se han convertido en títulos clásicos.

"Neil Young: Herat of gold" es la tercera colaboración entre Young y Demme. En 1993 Demme estaba trabajando en la banda sonora de Philadelphia; buscaba un tema que fuera "un manifiesto para una película que hablaba del sida y de la homofobia". Viejo fan de Neil Young, Demme recordó su airado tema "Southern Man" y pensó que Young podría escribir una canción nueva para su película. A la semana de llamarle, Demme recibió una demo (cinta de prueba) de un tema titulado "Philadelphia"; lloró al escucharlo. Para la banda sonora, Demme utilizó la versión de la demo en vez de incluir una versión más refinada. La canción fue nominada para el Oscar. Demme y Young colaboraron también cuando el primero filmó el proceso de grabación de cuatro canciones del disco "Sleeps with Angels" para una película titulada The Complex Sessions.

Desde 1988 trabaja con su compañía propia, Clinica Estetico, produciendo y dirigiendo documentales y películas narrativas. Demme es un fuerte defensor de los derechos humanos y ha producido y dirigido documentales sobre la situación en Haiti y otros temas.