Fue nominado a un Tony en 2005 y ganó un Drama Desk por su interpretación en la obra "The Pillowman", de Martin McDonagh, dirigida por John Crowley. También ha sido galardonado con el Premio Charles Bowden New Dramatists y con el Premio Elliot Norton del Teatro de Boston por "Larga jornada hacia la noche".
Es un conocido actor de Broadway. Entre las numerosas obras en las que ha trabajado, mencionaremos la reposición de "Cabaret", de Sam Mendes, y "The Invention of Love", de Tom Stoppard, dirigida por Jack O´Brien.
Asimismo, ha actuado en "Noche de reyes" y "Ricardo II", para el Festival Shakespeare de Nueva York, y en un sinfín de producciones off-Broadway, como "Cymbeline", que también estrenó en Inglaterra; "Old Wicked Songs", por la que fue candidato a un Premio Drama League, y "La zona gris".
Cuando Tim Blake Nelson, el dramaturgo de esta última, adaptó la obra para la pantalla, Stuhlbarg interpretó un papel diferente al suyo en los escenarios. Otras películas suyas son Red de mentiras, de Ridley Scott, con Leonardo DiCaprio; A Price Above Rubies, de Boaz Yakin; Afterschool, de Antonio Campos, que participó en los festivales de Cannes y de Nueva York; Cold Souls, de Sophie Barthes, con Paul Giamatti y David Strathairn, y el corto que realizó Martin Scorsese en honor a Hitchcock, "The Key to Reserva". Hace poco ha vuelto a trabajar con Martin Scorsese, como coprotagonista del piloto "Boardwalk Empire".
Ha sido artista invitado en series como "Daños y perjuicios" y, más recientemente, "Betty la fea".
Se licenció en The Juilliard School. También estudió en UCLA; en el Conservatorio Vilnius, unidad de Estudios Chéjov de Lituania; en la Academia Británico-Americana, facultades Baliol y Keble en Oxford, y con Marcel Marceau gracias a una beca.