Por su interpretación en Una historia de violencia consiguió el premio al Mejor Actor de Reparto de la Sociedad Estadounidense de Críticos de Cine.
En la primavera de 2005, Harris actuó junto a Paul Newman en la miniserie de la cadena HBO "Empire Falls", basada en una novela de Richard Russo ganadora de un premio Pulitzer y dirigida por Fred Schepisi. Su trabajo le valió la candidatura en la categoría al Mejor Actor de los premios SAG (Sindicato Estadounidense de Actores de Cine), Globos de Oro y Emmy. Harris ha destacado en numerosas producciones televisivas y teatrales.
Por su interpretación en "Las horas", película de Stephen Daldry, Harris fue candidato en 2003 a los premios Oscar (por cuarta vez), y a un Globo de Oro, un premio SAG y un BAFTA. Anteriormente había sido candidato a un Oscar al Mejor Actor por su papel protagonista en "Pollock: la vida de un creador", su primera película como director, que tuvo muy buena acogida. La película estaba protagonizada también por Marcia Gay Harden, quien ganó un Oscar a la Mejor Actriz de Reparto por su interpretación .