Jean-Pierre Jeunet empezó en el negocio del cine haciendo anuncios publicitarios y videos musicales. Al mismo tiempo, produjo junto con el diseñador Marc Caro dos cortos de animación. Son los dos directores quienes unen sus fuerzas en 'Le Bunker de la derniere rafale'. Todos sus cortometrajes fueron premiados en numerosos festivales, tanto en Francia, como fuera de sus fronteras.
Su primer largometraje fue 'Delicatessen', terminado en 1991. El filme ganó cuatro premios César. Su segundo largometraje tarda casi cuatro años en materializarse: 'La Ciudad de los Niños Perdidos' un cuento oscuro, totalmente innovador para su época en términos de efectos especiales y que hizo necesaria la creación de un nuevo software. Se distribuye en todo el mundo con gran éxito.
En 1997, tras la deserción del inglés Danny Boyle, se le ofreció dirigir el cuarto episodio de las aventuras de Ellen Ripley en 'Alien: Resurrección'. En 2000 regresó a Francia para filmar 'Amelie', con la que el cineasta registró un éxito sin precedentes. Después vino la romántica 'Largo domingo de noviazgo' y la comedia 'Micmacs, un gran follón', protagonizada por Dany Boon.