Lena Headey comienza su carrera cinematográfica en 1992 en la película de Stephen Gyllenhaal ‘El país del agua’, donde interpreta a la mujer de Jeremy Irons. Dos años más tarde se mete en el papel de Katherine en ‘El libro de la selva: la aventura continúa’. Ese mismo año co-protagoniza junto a Anthony Hopkins y Emma Thompson el drama de James Ivory, ‘Lo que queda del día’.
A razón de una o dos películas al año, Lena Headey tiene una cierta preferencia por los thrillers como ‘Rumores que matan’ (2000), junto a Joshua Jackson y Kate Hudson; ‘El juego de Ripley’ (2002), al lado de John Malkovich. Tres años más tarde, cambia de registro y se une al reparto de la cinta de Terry Gilliam, ‘Los hermanos Grimm’. En 2007, la actriz se convierte en la esposa del rey Leónidas en ‘300’, de Zack Snyder.
En 2008, se pasa a la pequeña pantalla para protagonizar la serie de televisión ‘Terminator: Las crónicas de Sarah Connor’, y dos años más tarde encarna a Cersei Lannister en la ficción televisiva ‘Juego de tronos’, inspirada en la serie de novelas de George R.R. Martin.