Neil Patrick Harris comienza a sentirse atraído por la interpretación siendo tan sólo un niño y comienza participando en varias obras de teatro en la escuela. En 1988, a la edad de 15, debuta en la gran pantalla con un papel en la película ‘El corazón de Clara’, protagonizada por Whoopi Goldberg.
Tras intervenir en varias series de televisión, en 1989 obtiene el papel protagonista en la serie ‘Un médico precoz’, por la que obtendría una gran popularidad en todo el mundo y obtendría un gran reconocimiento por parte de la crítica, que lo señalaba como una gran promesa. Este papel también le abre las puertas del cine y en 1995 obtiene su primer papel protagonista en la gran pantalla con ‘Animal Room’, a la que seguirían diversos papeles secundarios en títulos como ‘Starship troopers’, ‘Algo casi perfecto’, ‘2 colgaos muy fumaos’ y multitud de papeles en la pequeña pantalla.
Durante esa época regresa al teatro y obtiene grandes críticas por su talento interpretativo y musical sobre las tablas de Broadway. En 2005 es seleccionado para interpretar a Barney Stinson en la sitcom de CBS ‘Cómo conocí a vuestra madre’, que obtiene un gran éxito mundial.