Cuarto y último volumen de La Reconstrucción de Evangelion. Misato y su grupo anti-NERV, Wille, llegan a una París roja por la nuclearización. La tripulación de la nave Wunder aterriza en una torre de contención con solo 720 segundos para reestablecer la ciudad. Cuando una horda de Evas NERV aparece, la mejorada Unidad Eva 8 debe interceptarlos. Mientras, Shinji, Asuka y Rei merodean por Japón.
14 años después del catastrófico Tercer Impacto, dos naves Evangelion pilotadas por Asuka y Mari se internan en el espacio con la misión de recuperar un contenedor que se encuentra en órbita sobre la Tierra y que contiene la llamada "unidad 01", de vital importancia. Cuando están a punto de hacerse con él, el dúo es atacado por la Nemesis ...