Es uno de los graduados del programa de dirección del American Film Institute, Mark Waters realizó su debut en la dirección de cine con el éxito independiente de comedia negra "Almas gemelas". La película se estrenó en el Festival de Cine de Sundance de 1997, en el que Parker Posey obtuvo un Premio Especial del Jurado por su interpretación.
Además de dirigir, también ha sido el productor ejecutivo de "Sorry Haters", que fue nominada a dos Independent Spirit Awards.
Vive en Los Ángeles con su esposa, la actriz Dina Waters, y sus dos hijas.