Baltasar Kormákur nació el 27 de febrero de 1966 en Reikiavik, Islandia, en el seno de una familia de artistas, siendo su padre un pintor catalán y su madre una escultora islandesa. Se formó como actor en la Academia Nacional Islandesa de Bellas Artes en 1990, y tras obtener su título ingresó en el Teatro Nacional de Islandia, del que formó parte hasta 1997. Allí se convirtió en una de las principales jóvenes promesas de la compañía, y dirigió algunas ambiciosas producciones durante los dos últimos años de su estancia. De forma paralela a su trabajo en el Teatro Nacional, también dirigió y produjo obras de teatro independientes inmensamente populares.

En el año 2000, Baltasar escribió el guión, dirigió y produjo 101 Reikiavik, donde actuó con la española Victoria Abril, y el éxito internacional de la película le llevó a fundar Blueeyes Productions. Desde entonces, ha centrado sus esfuerzos en el séptimo arte, desarrollando sus facetas de guionista, director y productor. Sus películas 101 Reikiavik (101 Reykjavik, 2000), The Sea (2002), Verdades ocultas (A Little Trip to Heaven, 2005) y Jar City (2006) han ganado numerosos premios internacionales. Su último largometraje, White Night Wedding (2008) fue un éxito desde su estreno en Islandia en enero de 2008. Celluloid-Dreams lanzó la película al mercado internacional y la presentó en Toronto en septiembre de 2008. White Night Wedding fue seleccionada para representar a Islandia en los Oscar de 2009, en la categoría de mejor película de habla no inglesa. El último trabajo de Baltasar como director es Inhale (2010), película estadounidense protagonizada por Dermot Mulroney, Diane Kruger, Sam Shepard, Rosanna Arquette, Vincent Perez y Jordi Mollá. Se trata de una coproducción entre 26 Films, de Los Ángeles, y Blueeyes Productions.

La edición de enero de 2001 de Variety señaló a Baltasar Kormákur, junto con directores como Christopher Nolan y Alejandro G. Inárritu, como "uno de los 10 nuevos talentos más interesantes".

Jar City, un éxito de público instantáneo, se estrenó en Islandia en octubre de 2006 y recibió críticas entusiastas. Terminó siendo la película de mayor éxito de 2006 en Islandia y el mayor fenómeno de taquilla de la historia del país. Desde octubre de 2007, y a lo largo de 2008, la película circuló en más de 50 festivales, como los de Telluride, Toronto, Pusan o Londres, siendo objeto de muy buenas críticas. En el Festival Internacional de Cine de Karlovy Vary de 2007, Jar City obtuvo el mayor premio, el Globo de Cristal. IFC adquirió los derechos de distribución para Estados Unidos, Memento Films para Francia y The Works para el Reino Unido.

Reacio a abandonar su vocación teatral, Baltasar ha dirigido tres éxitos de taquilla para el Teatro Nacional de Islandia en años recientes. Su producción Almost There, basada en una novela de Hallgrimur Helgason (101 Reikiavik, RBA), fue un gran éxito. Tanto Baltasar como el reparto recibieron numerosos premios GRIMAN de teatro en 2004, y la obra estuvo dos años enteros en cartel.

En marzo de 2006, Baltasar estrenó en el Teatro Nacional Peer Gynt, proyecto que gozó del respaldo inmediato del público islandés y acaparó la mayoría de los premios GRIMAN de 2006. La obra fue seleccionada en agosto de 2006 por el Festival Ibsen de Oslo, donde recibió fabulosas críticas. El teatro londinense Barbican escenificó Peer Gynt en marzo de 2007, y su división de cine programó de forma paralela algunas de las películas del realizador islandés.

Con White Night Wedding, largometraje inspirado en los personajes de la obra Ivanov de Anton Chejov, aunque ambientado en la Islandia actual, Baltasar ha dirigido al mismo elenco de actores en su versión teatral para el Teatro Nacional, que se estrenó el 26 de diciembre de 2007. Su proyecto inicial era programar la obra teatral y el filme como estrenos simultáneos. La idea funcionó de maravilla, y el público y la crítica de Islandia se rindieron por igual ante la obra y ante la película.