En 1985, Stuart Gordon sorprendió a la audiencia con su primer film, Re-Animator, por el que obtuvo el Premio de la Crítica en el Festival de Cannes. Desde este gran éxito, Re-Animator se ha convertido en un clásico de culto y Gordon ha conseguido un fuerte y leal grupo de seguidores.

Su carrera profesional comenzó en 1970 como director artístico de la Organic Theater Company de Chicago, puesto que ocupó durante quince años. Este equipo, que incluía a actores como Joe Mantenga y Dennis, Franz, produjo obras originales y adaptaciones gracias a las cuales Gordon pudo trabajar directamente con reconocidos autores como Ray Bradbury, Roald Dahl, Mary renault y Kart Vonnegut, llevando sus obras a escena. En 1974, produjo y dirigió la premiere mundial de David Mamet, Sexual Perversity in Chicago.

Tras Re-Animator, el siguiente film de Gordon fue From Beyond (1986), adaptación de H.P Lovecraft que afirmó su notoriedad en el género de horror. Tras este título, vinieron Dolls (1987); Robot Jox (1990); Pit and the Pendulum (1991), con Lance Henriksen; Fortaleza Infernal (1993), con Christopher Lambert; Castle Freak (1995), por el que ganó el Golden Chainsaw Award del Fangoria Magazine, y Space Truckers, con Dennis Hopper y Stephen Dorff. En 1998, en un asombroso cambio de registro, dirigió para los Estudios Disney la fábula cómica de Ray Bradbury, The Wonderful Ice Cream Suit, protagonizada por Edward James Olmos y Esai Morales. El film inauguró el Festival de Sundance y ganó el premio al Mejor Director en el Fantafestival de Roma.

En 2001, Gordon retornó al horror y a Lovecraft con Dagon, proyecto rodado en España y que contó con Paco Rabal en su último trabajo cinematográfico. Y en 2003, dirigió el brutal drama King of the Ants.

Los créditos de Gordon como guionista resultan igualmente impresionantes: En 1989, junto a su habitual colaborador Brian Yuzna, creó el blockbuster de Disney, Cariño, he encogido a los niños; de cuya secuela, Cariño, he agrandado al niño, Gordon fue productor ejecutivo. De nuevo en el género de terror, Gordon y su colega Denis Paoli escribieron Body Snatchers para Warner Bros y El Dentista para Trimark.