A principios del siglo XIX. Vuelve a Edo, después de tres años de estudio en Nagasaki, el joven doctor Noboru Yasumoto está decidido a hacer una carrera brillante. Sueña con una cita en el shogunato hospital. Su conocimiento de la medicina occidental y de sus orígenes está destinado a las más altas esferas médicas. Sin embargo, en su primera tarea le envían a un barrio muy pobre de Tokio.
En 1860, Sanjuro, un 'ronin' -es decir, un samurái sin amo-, vaga por los caminos hasta llegar a un pequeño pueblo. Sanjuro es un diestro guerrero que en otro tiempo sirvió a la realeza y que ahora, a pesar de gozar de la ventaja de ser libre, apenas tiene recursos para sobrevivir. Sanjuro descubre en el pueblo hay dos bandas de delincuentes ...