Jonathan Pryce estudió en RADA. Después de graduarse se unió a la Compañía de Teatro Liverpool Everyman, continuando con una temporada interpretando en el Nottingham Playhouse bajo la dirección de Richard Eye, regresando mas tarde como director artistico al Everyman. En 1975, Pryce interpretó Comedians, dirigido por Sir Eyre, y luego se fue a trabajar a Nueva York.

Pryce ganó su primer Tony por su primer trabajo en esa ciudad, y a continuación realizó una temporada con la compañía real de Shakespeare, apareciendo en The Taming of the Shrew, Anthony and Cleopatra y Measure for Measure. En 1980, Pryce obtuvó una importante aclamacion de la critica por su trabajo en Hamlet, dirigida por Eyre.

Mas tarde le siguieron sus primeras incursiones en el cine, pero en 1984 regresó al teatro con la obra de Ferry Gilliams, Accidental Death o fan Anarchist en Broadway; y regresó a Inglaterra para personificar The Doctor and the Devils.

En 1989 obtuvo un premio Oliver por su trabajo en Miss Saigon, y en 1991 regreso a Broadway con la misma obra ganando un Tony, y el premio de la critica Outer Circle y el Drama Desk.