Nacido en Stuart, Florida, Marquette comenzó a trabajar como modelo a los cuatro años de edad y debutó en la pantalla a los ocho años de edad como el hijo de Mira Sorvino en "Sweet Nothing" de Warner Bros. Luego obtuvo el papel principal en "The Tic Code" con el legendario Gregory Hines y la interpretación de Tiny Tim en la producción de Broadway de "A Christmas Carol". Otros créditos de Marquette en la pantalla grande incluyen "The Girl Next Door" y "Freddy vs. Jason".

El mayor de tres varones, todos los hermanos de Marquette son también actores. Inspirado por Christopher, el menor, Sean actuó como invitado estelar en la serie de CBS "Still Standing" y en la película "13 Going On 30", mientras que el segundo de los hermanos Eric ha actuado en "Desperate Housewives", "CSI" y "Malcolm in the Middle".