Alastair Fothergill estudió en las Universidades de St Andrew`s y Durham. En 1983 se incorporó a la Unidad de Historia Natural (NHU) de la BBC. Ha trabajado en una amplia variedad de programas del departamento, incluido The Really Wild Show, Wildlife on One, ganador de un premio BAFTA, y el innovador Reefwatch, en el que formó parte del equipo que llevó a cabo la retransmisión en directo bajo el mar.

Fothergill continuó trabajando en la serie de BBC ONE The Trials of Life, con David Attenborough. En 1993 dirigió Life in the Freezer, un documental en seis capítulos para BBC ONE, todo un canto a la vida salvaje de la Antártida. Todavía trabajaba en esta serie cuando fue nombrado Jefe de la NHU en noviembre de 1992.

En junio de 1998, Alastair dejó su puesto como Jefe de la NHU para concentrarse en la realización de Deep Blue - La película del planeta azul, un innovador largometraje sobre los océanos de la Tierra, que obtuvo gran éxito de crítica y público por su destacada cinematografía.