En las primeras batallas contra los monstruosos Ángeles asesinos, los jóvenes pilotos de los EVA (biandroides pilotados por los Children), Shinji y Rei, se vieron obligados a hacerse cargo de la salvación de la humanidad. Ahora, con el ataque incipiente de los Ángeles y el apocalipsis del Tercer Ángel, Shinki y Rei deberán confiar en dos ...