La historia se sitúa 20 años después de la destrucción de los tres mundos -el de los humanos, los hombres bestia y los demonios-, ejecutada por Nagumo transformado en Dios de la Destrucción. Pero Jyaku Amano, decepcionado por como este dios está utlizando sus increíbles poderes para destruirlo todo, descubre que el verdadero Chojin nace en el castillo de Osaka adelantándose a las predicciones, advirtiendo a Amano de que hay una criatura con una fuerza maléfica capaz de destruir al Chojin: el Kyo-o. Además, tras el caos provocado por la unión de los mundos, ha nacido una nueva raza de mutantes, los Makemono o demonios bestia, liderados por Buju. Mientras, el resto de la humanidad está liderada por el dictador César que pretende hacerse con el poder de Kyo-o y eliminar al Chojin.
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