Cuando las brujas arden, cuenta la historia del infame Matthew Hopkins, un abogado de Suffolk que pasó a ser un interrogador independiente. Usando métodos poco limpios, Hopkins fue capaz entre 1644 y 1646 de asegurar la condena y la posterior ejecución de 230 personas acusadas de brujería. La película sigue el juicio y la ejecución de un verdadero sacerdote, John Lowes, como punto de partida, añadiendo una historia de amor ficticia entre Sarah, la pupila de Lowes, y el soldado Roundhead, Richard Marshall.
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