La historia se basa en la serie titulada 'Capitán Harlock', la cual fue creada en la década de los setenta por Leiji Matsumoto. El filme está ambientado en los últimos coletazos del siglo XXII, concretamente un lustro más tarde de la extraña aparición extraterrestre que tuvo lugar en nuestro planeta. Los peculiares seres que invadieron la Tierra por aquel entonces fueron catalogados como Gamilas, quienes se encargaron de atemorizar a la sociedad mundial por medio de una serie de monstruosos meteoritos que provocaron el exterminio del territorio vital de los individuos.
La especie humana está a punto de llegar a su fin como consecuencia del ataque alienígena que han provocado un conjunto de acontecimientos realmente irreparables. Sin embargo, la esperanza definitiva de la población llega a través de un misterioso comunicado que procede de un lugar recóndito del universo conocido como Iscandar. El contenido del mensaje informa de que sus habitantes disponen de los medios necesarios para garantizar la protección y la supervivencia de los ciudadanos terrestres. Esto provocará que se dispongan a configurar de nuevo el armazón denominado Yamato, el cual les posibilitará desplazarse en busca del enigmático emplazamiento recorriendo varios años luz de longitud con la intención de salvar a los seres humanos de la destrucción a la que están condenados.
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