En los últimos meses de la Segunda Guerra Mundial, el Imperio de Japón recibe un regalo de la colapsada Alemania Nazi: el I-507, un submarino extraordinariamente avanzado y equipado con tecnología experimental. La misión, según lo revelado por el sombrío Asakura (Shinichi Tsutsumi), Jefe de Estado Mayor, es interceptar barcos estadounidenses que transportan un tercera arma (tras Hirosima y Nagasaki) a la isla de Tinian. El encargado de la misión es el Comandante Masami (Yakusho Koji), que ignora los diversos secretos del I-507, que lleva a bordo el fantasma de una bruja ancestral.
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