Legacy of Secrecy detalla los intentos secretos de Robert Fitzgerald Kennedy y sus colaboradores de exponer a los asesinos de su hermano, mientras protege al Comandante Almeida. La película nos muestra como RFK continua con su guerra contra la mafia centrándose cada vez más en los jefes de la mafia tras el asesinato de JFK, hasta llegar a su propio asesinato.
Los asociados de RFK continuan con su misión de revelar la verdad. Pero cuando están a punto de hacerlo se ven bloqueados por tres jefes de la mafia y un puñado de operativos de la CIA. Legacy of Secrecy detalla cada paso tomado por los jefes de la mafia Carlos Marcello, Santo Trafficante y Johnny Rosselli para ocultar su implicación en el asesinato de JFK, y los trágicos sucesos que le siguieron.
Una larga sombra cubre los secretos de ambos asesinatos (Robert y John Kennedy) y el plan para realizar un golpe de Estado tras la muerte Martin Luther King, provocan el asesinato de cinco testigos del Congreso a mediados de los años 70,