El biólogo marino Jack Ellway (Adam Baldwin) y su hijo Brandon (Emile Hirsch) se sienten atraídos por la isla polinesia de Malau para estudiar los efectos de la actividad sísmica en la vida marina de la zona. Junto con la Doctora Alyson Hart (Julie Carmen) investigan unos extraños sucesos de ahogamientos e inspeccionan la zona marina para averiguarlo.
Descubren que existen unas misteriosas criaturas viviendo en el agua cerca de la isla. Brandon empieza a coger cariño al bebé de esos seres y empieza a inventarse historias como tapadera para que no descubran a su nuevo amigo y lo maten. Cada día, el chaval se acerca a la zona para bucear con él. Con el tiempo, estas gigantes y peligrosas criaturas se acercan cada vez más a las proximidades de la isla. Averiguan el secreto de Brandon y llaman al ejército para acabar con el problema. Brandon lucha para salvarlos con el pretexto de que son criaturas inofensivas y no harán nada malo. El joven, su padre y la doctora deberán aliarse y confabular un plan para proteger a las criaturas de las garras militares.
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