La película contó con un presupuesto que superaba los 3 millones de euros.
Es la tercera vez que el director Miguel Courtois y el guionista Antonio Onetti trabajan juntos, después de su colaboración en 'El Lobo' y 'Gal'.
El actor Luis Tosar ('Celda 211' y 'Mientras duermes') se instaló durante 3 meses en Villavicencio, la ciudad donde se rodó la mayor parte del film, con la intención de adquirir un acento que hiciese más creíble a su personaje.
'Operación E' es uno más de los títulos que Miguel Courtois ha dirigido en el que los conflictos armados y políticos son la base del argumento. Como podemos ver a lo largo de su trayectoria cinematográfica 'El Lobo', 'Gal' o el documental '11-M, historia de un atentado', el director franco-español se interesa por la temática del thriller político y las tramas que versan sobre organizaciones terroristas.
Cuando se anunció el desarrollo de este proyecto, Clara Rojas en unas declaraciones criticó una producción basada en la horrible experiencia que vivieron los rehenes: "Mi niño tiene una serie de derechos, como los tienen todos los niños, a tener una vida tranquila, un respeto por su integridad personal y obviamente por su vida pasada, por su presente y por su futuro. Y una información que se teje en torno a su propia historia obviamente nos afecta en nuestra tranquilidad personal".
Los productores de la película se defendieron alegando que ni ella ni su hija eran protagonistas del argumento, por lo que su vida no se vería directamente afectada.
El título de la película, 'Operación E', hace referencia a la acción humanitaria denominada originalmente "Operación Emanuel" en la que el argumento de la película se basa. Tras seis años bajo el poder de la organización terrorista, el objetivo de esta operación era rescatar a Clara Rojas, a su hijo Emanuel y a Consuelo González de Perdomo de su secuestro a manos de las FARCS. El presidente Hugo Chávez bautizó así esta misión en honor al hijo de Clara Rojas nacido bajo el secuestro terrorista.
El rodaje duró siete semanas, en las cuales el quipo trabajó duramente para poder dejar todo bien atado, y finalizó a principios de diciembre de 2011.
La filmación de la película se ha hecho en diferentes zonas de la selva y de los llanos orientales de Colombia, Sudamérica.
La abogada colombiana Clara Rojas, que estuvo secuestrada seis años por las FARC, se ha sentido muy ofendida con esta película. En declaraciones a los medios, Rojas ha definido esta cinta como "un atropello" ya que el enfoque que se ha hecho sobre el campesino Crisanto Gómez esta desvirtuado. Según ha señalado, ni siquiera le consultaron antes de rodar la película.
Si hacemos un repaso de la filmografía del director de 'Operación E', Miguel Courtois, podemos comprobar que el tema del terrorismo es tratado en la mayoría de sus películas. Por ejemplo, en 'Gal' y 'El Lobo', Courtois habla de la ETA y en esta nueva cinta, el tema que aborda es el terrosimo de las FARC.