Juan y Eva nos cuenta la historia de amor que surge entre un viudo coronel del ejército (durante la dictadura de Edelmiro J. Farrell en Argentina) de cuarenta y ocho años de nombre Juan Domingo Perón (Osmar Núñez, "El Vestido"), y una joven actriz de radio Eva Duarte (Julieta Díaz, "Dos más dos").
La película muestra el periodo de un año y medio, en el cuál consolidarán su relación. Esta dará inicio con el terremoto que tuvo lugar en la ciudad de San Juan en enero de 1944, conociéndose durante una recaudación de fondos organizada por Perón, donde la joven colabora, para conseguir dinero para las víctimas del terremoto.
Es una visión de cómo y cuánto influyen en la intimidad de la pareja los acontecimientos históricos de la época, que funciona como el marco de la película. De cómo afecta la vida pública en la relación, por lo mal visto que estaba una pareja de estas características, y cuánto tienen que luchar para poder estar juntos.