Ambientada en la Segunda Guerra Mundial, en pleno dominio del ejército de Hitler. Rufino es el joven sacerdote de una orden de franciscanos en el monasterio de Asís. Un día recibe la visita de Nicolini, quien le encarga una misión muy importante: debe proteger a las familias de origen judío que están siendo perseguidas por las tropas nazis. Así, Rufino abrirá las puertas de su templo para todas aquellas personas que quieran resguardarse. Evitará que numerosas familias sean víctimas del holocausto, pero tendrá que hacer frente al ejército alemán.
'Los clandestinos de Asís' está basada en la novela del polaco Alexander Ramati -también director de la película- que, a su vez, se basa en un hecho real ocurrido durante la guerra.
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