El mundo después de un gran cataclismo provocado por unas despiadadas criaturas. Gran parte de la Tierra ha quedado destruida, y los supervivientes deben luchar contra estos ataques de origen y naturaleza desconocida. Para proteger a los humanos de estos ataques, y debido a que las armas comunes no funcionan contra estos enemigos, la organización NERV ha creado los EVA, máquinas humanoides gigantes que se conectan al sistema nervioso y que solo pueden ser pilotadas por niños. Uno de ellos es el joven Shinji Ikari, que junto con Auska tratarán de frenar la llegada del Tercer Impacto.
Este clásico del anime de ciencia ficción está dirigido por Hideaki Anno (Shin Godzilla) y supone un final alternativo a los dos últimos episodios de la popular serie de televisión japonesa Neon Genesis Evangelion (1995-1996).
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