Años atrás, una antigua civilización conocida por su avanzada tecnología, gobernó la Tierra, pero fue destruida por sus indebidos métodos de acción. Antes de desaparecer, esparcieron por todo el planeta diversos mensajes en forma de placas indestructibles escritos en antiguo hebrero, informando de que si no se hacía buen eso de sus creaciones debían ser destruidas. Grupos de paramilitares, ejércitos nacionales y fuerzas armadas comenzaron a buscar estos misteriosos artefactos con el fin de usarlos contra sus enemigos. La corporación ARCAM y su ejército de Spriggans Strikers surge con el objetivo de poner fin a estas fuerzas de destrucción.
Un día, un grupo de investigadores del ARCAM desaparece en las montañas de Ararat, Turquía, lugar donde, según la Biblia, cayó el Arca de Noé. Seis meses más tarde, en Japón, el Spriggan Yu Ominae recibe un mensaje bomba con la frase "Noé será tu tumba". Se dirige a la Delegación Japonesa de ARCAM y encuentra otro mensaje acompañado de una foto de los cuerpos de los investigadores desaparecidos que, aparentemente, han sido atacados. Decide, entonces, viajar a Turquía, donde pronto encontrará otro tipo de problemas.
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