Tras la separación de sus padres, Alice una adolescente de 14 años, se muda a una nueva ciudad con sus padres. Cuando llega a su nueva escuela descubre que hace un año el chico que ocupaba su asiento fue asesinado. La joven, intrigada por el caso, decide investigar lo sucedido y descubre que la única persona que le puede ayudar es Hana, una chica reclusa en la Casas de las Flores. Tras colarse allí y hablar con ella, ambas se adentran en el misterio del 'asesinato más pequeño del mundo'.
El caso de Hana y Alice es la precuela de la película de 2004 titulada Hana y Alice. Esta película está dirigida por el mismo director de la primera entrega, Shunji Iwai.
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