Atlantis, El imperio perdido, fue la primera película de Disney en tener un protagonista masculino con gafas y tener un personaje negro como un personaje secundario importante.
En la escena en la que Milo dice que la historia en el Diario del Pastor se corta de repente, como si tuviese una hoja arrancada; es una referencia al mito de la Atlántida de Platón, cuya historia se corta en mitad de una frase, ya que los manuscritos desaparecieron.
Como la película estaba diseñada desde sus orígenes como una película de acción y aventuras, el equipo de producción llevaban unas camisetas al trabajo que decían: "ATLANTIS - Menos canciones, más explosiones".
Marc Okrand, quien creó el lenguaje de la Atlántida en la película, también se encargó de crear los lenguajes Vulcan y Klingon para la franquicia de Star Trek.
Además, Leonard Nimoy, quien da voz al Rey de la Atlántida, también aparece en Star Trek (1966).
En un principio, la película iba a ser seguida por una serie de dibujos animados llamada Team Atlantis, pero debido a los malos resultados que recibió esta película, se canceló la serie. Sin embargo, se estrenó una película secuela, Atlantis: El regreso de Milo, que contenía algunas ideas que el estudio tenía para la serie.