Corleone, Sicilia. 1901. Antonio Andolini es asesinado por orden de Don Ciccio, jefe de la mafia local, que, durante el entierro acabará también con Paolo, su hijo mayor, tras lo que la viuda suplica a Don Ciccio que deje vivir a su hijo pequeño Vito, a lo que este se niega, pues piensa que si lo deja vivir acabará vengándose.
Al no poder convencerlo amenaza al mafioso con un cuchillo y pide a Vito que escape. El niño lo conseguirá mientras ve cómo acaban con su madre. Poco después embarcará hacia América, donde, al llegar es registrado como "Vito Corleone".
1958. Michael Corleone celebra en su casa del Lago Tahoe, la primera comunión de su hijo Anthony, a la que acude el senador de Nevada, Pat Geary, que pese a servirse de ellos desprecia a los Corleone, por lo que les pide un precio muy alto para darles la licencia de un nuevo casino. Pero Michael le hace otra oferta: no le dará nada.
Durante la celebración habla también con Johnny Ola, mano derecha del gangster Hyman Roth, que dice que este no se opondrá a que Michael se haga con otro casino. Y finalmente habla con Frank Pentangeli, que controla el territorio que antes tenían los Corleone, y que desea acabar con las intromisiones de los Rosato, protegidos por Roth. Michael se lo prohíbe, pues desea mantener buenas relaciones con Roth.
Esa misma noche la casa de Michael es tiroteada. Y sospecha que lo hizo alguien cercano a la familia. Y poco después los asesinos aparecen muertos.
Algún tiempo después Tom visita uno de los burdeles de los Corleone donde el senador Geary está con una prostituta muerta, y diciendo que no recuerda lo ocurrido. Hagen se ocupará del asunto en prueba de su amistad.
1917. Vito Corleone, casado y con un hijo, trabaja en la tienda de comestibles del padre de su amigo, Genco Abbandando, que cuidó de él desde niño, hasta que este se ve obligado a despedirlo para contratar a un sobrino de Don Fanucci, el mafioso que controla el barrio.
Traba amistad entonces con Peter Clemenza, cuando le pide que esconda una bolsa con armas. A cambio le regalará una alfombra que robarán de una lujosa casa.
Hasta que Don Fanucci se entera de las actividades delictivas de Vito, Clemenza y Tessio y les pide que le paguen 600 dólares. Y, aunque sus amigos deciden pagar, Vito decide darle solo 100. Don Fanucci lo acepta e incluso promete buscarle trabajo a pesar de lo cual decide acabar con él, matándolo frente a la puerta de su casa, convirtiéndose tras ello en una persona respetada a la que acuden pidiendo favores.
Michael está convencido de que fue Roth quien intentó asesinarlo, pese a lo cual le pide a Pentangeli que coopere con los hermanos Rosato para que Roth se confíe.
De hecho Roth le elige como socio para una gran inversión en Cuba, aprovechando sus contactos con Batista, llegando al día siguiente Fredo con dos millones y por la noche celebran una fiesta preparada por este, que simula no conocer a Johnny Ola, mano derecha de Roh, aunque luego, borracho, se desdice, comprendiendo Michael que su propio hermano es el traidor.
Envía entonces a un hombre a acabar con Roth y con Johnny Ola, acabando con el segundo, pero no con Roth. La policía lo sorprende en el hospital en que este había ingresado tras un ataque, cuando intentaba matarlo, siendo él quien caiga.
Poco después deberán salir de la isla sin ultimar sus negocios cuando Batista anuncia la renuncia a su cargo ante la inminente llegada de los rebeldes.
A su vuelta a Las Vegas, Hagen le cuenta que Kay tuvo un aborto y le informa de que ha sido convocado por una comisión del Senado encargada de investigar las actividades delictivas de la mafia. Junto con él declararán varios testigos, uno de ellos de poco peso, pues nunca recibió órdenes directas de él, y un peso pesado de la mafia, Petangeli, que, convencido de que Michael atentó contra él llegó a un acuerdo con el FBI, para declarar a cambio de protección.
Ante la gravedad de los hechos convocan a Fredo, que confiesa su traición harto de ser ninguneado, a cambio de las promesas de que tendría algo para él, sin saber que iban a atentar contra Michael. Les cuenta también que el jefe de la comisión trabaja para Roth.
Pese a su enfado, Michael le pide a Neri, su guardaespaldas que respete la vida de su hermano mientras su madre viva.
Michael llega a la siguiente sesión, en la que Pentangeli debe declarar, acompañado por el hermano de este, traído expresamente desde Sicilia. Y al verlo, Pentangeli se retracta de sus declaraciones, con lo que la audiencia debe concluir sin inculpaciones.
No le ocurre igual con su matrimonio. Kay decide separarse, y le confiesa que su aborto fue voluntario, para no traer otro hijo a esa familia. Michael, enfadado la golpea.
1925, Vito Corleone visita Sicilia por primera vez desde su salida, aprovechando su visita para vengar la muerte de su familia acabando con la vida de Don Ciccio ayudado por Don Tommasino, que es herido tras el tiroteo, quedando paralizado de las piernas.
En Las Vegas muere la madre de los Corleone, pidiéndole Connie a Michael que perdone a Fredo, a lo que este parece acceder.
Tras varios intentos de encontrar asilo en otro país, Roth es repatriado, y en el mismo aeropuerto, y a pesar de estar escoltado recibe un disparo y muere.
Frank Petangeli se suicida tras haber recibido el mensaje de Hagen de que su familia sería perdonada y ayudada si desaparecía.
Neri acabará con la vida de Fredo mientras pescaban juntos por orden de Michael.
Solo en su casa del Lago, Michael recuerda el pasado. El año 1941, cuando preparaban una fiesta sorpresa para su padre y él decidió alistarse en el ejército tras recibir la noticia del ataque a Pearl Harbor.