En un inmenso laboratorio subterráneo se realizan investigaciones ultrasecretas supervisadas por cientos de científicos atentos de que nada salga mal. Cuando suena la alarma, todos creen que se trata de un simple simulacro de evacuación. Pronto, llega el horror. Un virus altamente mortal se propaga a un ritmo imparable por los pasillos: en pocos minutos, acaba con toda vida humana.
Al mismo tiempo, Alice se despierta en una gran mansión. Ignora cómo ha llegado hasta allí y conoce a Matt, un policía. Antes incluso de que puedan encontrar una explicación lógica a los fenómenos extraños, un grupo de intervención militar, S.T.A.R.S., aparece de la nada y les obligan a seguirles. Su misión es infiltrarse en el laboratorio y neutralizar Reina Roja, el superordenador descontrolado que creen que es el responsable del desastre.
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