Codename 13, una asesina entrenada de 17 años, es suspendida por una misión chapucera en Japón. La chica desarrolla conciencia cuando conoce a Monji un niño de 11 años que ha perdido a su madre a manos de un sindicato del crimen. Cuando el pequeño es capturado, 13 se empeña en emprender un camino de destrucción para salvar al chico, yendo también en contra de su mentor y de la organización que la contrató, la Sombra.