Esta secuela de 'El planeta de los simios', ambientada en el año 3955, comienza con la llegada de una nave espacial a la Tierra. En ella se encuentra el capitán Brent (James Franciscus) quien pretende rescatar al coronel George Taylor (Charlton Heston) que desapareció en la Zona Prohibida.
Brent comienza su búsqueda y se topa con Nova (Linda Harrison) quien le indica que Taylor ya no se encuentra en la Zona Prohibida. Para infortunio de ellos, un grupo de simios liderados por el general gorila Ursus (James Gregory), los capturan y los llevan a su poblado. Allí descubren que pretenden destruir la Zona Prohibida, pero Cornelius (David Watson) y la doctora Zira (Kim Hunter) los rescatan.
En su huida descubren las ruinas de la Gran Manzana donde en el metro de la ciudad un grupo de humanos mutantes ha formado una colonia. Estos individuos secuestran a Nova y a Brent quienes se encuentran con Taylor, que también ha sido capturado. Los mutantes adoran a una bomba atómica que posee energía suficiente como para destruir el planeta.
Todo se enredará aún más cuando Ursus y el Ministro de Ciencias, Zaius (Maurice Evans), descubran el escondite del estos peculiares humanos.
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