En la anterior entrega de la saga, el coronel George Taylor (Charlton Heston) lograba al final de la película detonar una bomba atómica y destruir por completo el planeta Tierra. Corría el año 3955 y los simios tenían sometidos a los seres humanos. Antes de detonar el artefacto, tres simios fueron capaces de subir a bordo de una nave espacial y viajar a través del tiempo. Estos primates son Cornelius (Roddy McDowall), la doctora Zira (Kim Hunter) y el doctor Milo (Sal Mineo), quienes ahora se encuentran de nuevo en el planeta Tierra pero en la década de los setenta.
Al llegar, la comunidad científica desea investigar con ellos y conocer su grado de inteligencia. Estos no quieren desvelar que en el futuro los humanos serán vejados y tratados como esclavos, ya que si no sus vidas correrían peligro.
Tras la muerte de Milo, la pareja de simios es aceptada por la gente, adquiriendo tanta fama que son tratados como marajás, además esperan un bebé. El científico Otto Hasslain (Eric Braeden) cree que éstos pueden causar un grave peligro a los humanos del futuro por lo que decide elaborar un plan para acabar con ellos.
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