Después del encuentro entre Kirk y Khan que se saldó con la muerte de Spock, la tripulación de la Enterprise decide volver a la Flota Estelar para que la nave pueda ser reparada e ir en ella a depositar el cuerpo del vulcaniano en el planeta Génesis. Pero al llegar Kirk es informado de que la Enterprise no tiene autorización para volar. Cuando McCoy empieza a comportarse de un modo demasiado extraño, una visita del padre de Spock, Sarek, revela que es posible que el alma o katra de su hijo haya sido transferida al cuerpo de McCoy. Lo que Kirk debe hacer es completar el rito de pasaje, pero al no recibir permiso de sus superiores decide robar la Enterprise y salir de allí. Mientras, los Klingon también se dirigen a Génesis con otras intenciones y, cuando ambas naves se encuentren de camino, dará comienzo una batalla estelar de fatales consecuencias.
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