Pepperland es el paraíso bajo el agua. Protegida por la Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, en esta lugar siempre suena la música y se vive con alegría. Sin embargo, un día cae presa de los Malines Azules, un cruel grupo que odia la música. La banda de la Sgt. Pepper es encerrada en una burbuja, desde la que no pueden tocar, y todos los ciudadanos de Pepperland son paralizados y convertidos en seres azules.
El alcalde de Pepperland envía a Fred, un joven del pueblo, a buscar ayuda. Fred montará en un submarino amarillo y llegará hasta Liverpool. Allí conoce a Ringo (Ringo Starr), un cantante deprimido y cabizbajo, y le convence para que lo ayude a salvar Pepperland. A partir de ese momento su tarea consistirá en convencer a loa amigos de Ringo: John (John Lennon), George (George Harrison) y Paul (Paul McCartney), y juntos salvar Pepperland.
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