La campana de la Catedral de Lincoln, conocida popularmente como "Gran Tom", que da las horas todos los días, quedó en silencio por primera vez desde los tiempos de la Segunda Guerra Mundial, para no molestar durante el rodaje, ocurrido entre los días 15 y 19 de agosto de 2005.
El equipo de rodaje de 'El código Da Vinci' consiguió lo que nadie antes había conseguido: grabar en el Louvre. El Ministerio de Cultura francés les dio una autorización especial para grabar dentro de las galerías del museo durante las noches que durara el rodaje de las escenas de Jacques Saunière.
Caso contrario fue el de Inglaterra. No pudieron grabar en el interior de la Abadía de Westminster, donde ocurre la acción de la novela, puesto que se negaron a que el rodaje tuviera lugar dentro, alegando que lo que en el libro se expone es "teológicamente erróneo", siendo cambiado posteriormente por la Catedral de Lincoln.
Las actrices Virginie Ledoyen, Ludivine Sagnier, Julie Delpy, Sophie Marceau, Judith Godrèche, Kate Beckinsale y Linda Hardy optaron al papel de la protagonista Sophie Neveu. Pero finalmente lo encarnó Audrey Tautou conocida internacionalmente por su papel de Amelie.
La filmación comenzó 30 de junio 2005 en París y termina en Inglaterra el 19 de octubre del mismo año.
Los funcionarios de la censura en las Filipinas han prohibido el Código Da Vinci a menores de 18 años. Consoliza Laguardia dijo que las hipótesis formuladas por la película, sobre todo la idea de que Jesús y María Magdalena habían concebido hijos, se requiere una mirada madura.