En una de las escenas, Ray corre hacia el exterior de la casa, donde varias personas graban la tormenta eléctrica que se está desatando. Para grabar esta escena, Spielberg buscó gente por la calle que tuviera cámara de fotos, y como premio les dejaría fotografiarse más adelante con Tom Cruise.
En una escena de La Guerra de los Mundos, Tom Cruise y Dakota Fanning tienen que sumergirse en el agua. Spielberg decidió reproducir por los altavoces de la piscina la banda sonora de Tiburón mientras los actores estaban en el agua.
En una escena los aliens rebuscan entre los objetos de los humanos, y uno de ellos observa con atención una bicicleta. Es un guiño a la obra original, donde el protagonista observa que los aliens no parecen utilizar la rueda en ningún momento y se pregunta acerca de la posibilidad de que estos haya evolucionado sin ella.
Tanto los aliens como los Trípodes están basados en la descripción original de la obra, incluído el diseño y la funcionalidad de cada uno.
La película es escasa en lo que a planos panorámicos se refiere. Esto se debe a que Spielberg se dejó influenciar por cómo estaban grabados los vídeos caseros que grabaron personas anónimas durante el 11-S, para transmitir mejor la sensación de tragedia y gran catástrofe. También, la actuación de Tom Cruise en algunas escenas de la película se inspiró en las reacciones reales de las personas que aparecen en estos vídeos.
Todos los vehículos militares que aparecen durante la película están conducidos por tropas de guardias nacionales de Virginia. Los extras se utilizaron para llenar los camiones.
Steven Spielberg posee una de las últimas copias originales que quedan del guion de radio de Orson Welles. Quiso hacer la película desde el momento que lo adquirió, pero dejó el proyecto debido al estreno de Independence Day (1996) y su similitud con el tema apocalíptico. Aun así, tenía ganas de trabajar con Tom Cruise después de Minority Report, y finalmente se lanzó a grabar La guerra de los mundos.