La película está basada en el cataclismo que el volcán Krakatoa, situado en la isla de Java, produjo a finales del siglo XIX, donde miles de personas perdieron la vida a consecuencia de los tsunamis y las descomunales erupciones que allí tuvieron lugar.
La historia se centra en el buque "Batavia Queen". Un barco mercante perteneciente al gobierno holandés que está realizando una expedición en las colonias que posee en la zona de Indonesia. Saben que existe un navío que albergaba un enorme tesoro repleto de perlas y que está hundido en la zona.
El capitán Hanson es el encargado de dirigir este cometido y su amante, Laura, sabe donde se ubica el tesoro ya que su difunto marido era el propietario del buque. Mientras tanto, el gobierno convence al capitán para que traslade en las bodegas del "Batavia Queen" a un grupo de presos que tienen que ser llevados a otra prisión.
Días antes, el volcán ya empezó a manifestar su deseo de despertar pero hacen caso omiso a las señales. Tras zarpar del puerto de Singapur el volcán empieza a rugir como nunca hasta el momento lo había hecho y enormes cantidades de lava y ceniza empiezan a brotar de sus entrañas.
La situación empieza a ser extremadamente peligrosa y ,por si fuera poco, los convictos se escapan y toman el control del buque.
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