1979. Pablo VI impone a Michael Corleone la medalla de la Orden de San Esteban por su contribución a la iglesia a través de la Fundación Corleone que preside su hija Mary, y con la que colabora también para el desarrollo de Sicilia.
Al acto acude Kay, su ex mujer, para pedirle que permita a Tony abandonar Derecho y hacerse cantante de ópera.
Recibe también a Joey Zasa, su sustituto en Nueva York, que se queja de Vincent Mancini, hijo bastardo de Sonny, con el que discute, recibiendo esa misma noche la visita de dos matones enviados por Zasa de los que se librará.
Michael negocia con el Arzobispo Gilday, tesorero de la banca vaticana el control de International Inmobiliare, gran empresa del Vaticano. Con sus 600 millones podrá cubrir las pérdidas de la banca, aunque necesitan la ratificación de Pablo VI, muy enfermo.
Reúne a las otras familias y rechaza que participen en Inmobiliare, pero reparte entre ellos, excluyendo a Zasa, el dinero sobrante de la venta de los casinos. Zasa se marcha airado, y ataca a los reunidos desde un helicóptero, pese a lo que Michael consigue huir, aunque unos días después sufre un coma diabético por el que es hospitalizado.
Vincent pide entonces permiso a Connie para acabar con Zasa. Y lo hará aprovechando una procesión de Semana Santa del barrio italiano, donde, tras acabar sus hombres con los guardaespaldas de Zasa, este será eliminado por el propio Vincent, disfrazado de policía.
Tras recuperarse Michael les recriminará haber actuado sin su consentimiento, haciéndole patente además su desagrado por la relación que mantiene con su hija.
Aprovechando el próximo debut de Tony en la ópera de Sicilia, Michael viaja hasta allí, donde se entrevistará con el honesto cardenal Lamberto, al que le expone los manejos de Lucchesi, - verdadero impulsor de su intento de asesinato, aunque el ejecutor fuera enviado por Altobello - y del banquero suizo Kienzig. Tras ello se confesará con él.
Don Altobello tratará de acabar de nuevo con Michael contratando a dos asesinos locales. Don Tommasino los descubre y acaban con él.
Michael ordena entonces a Vincent que se infiltre entre los hombres de Don Altobello aduciendo diferencias con Michael debido a la relación con su hija. Podrá así confirmarle que es Luchesi quien controla tanto a Gilday como a Altobello, que ha contratado para asesinarlo a un asesino profesional infalible.
Mike decide designar a Vincent como sucesor a cambio de renunciar al amor de Mary.
Entretanto muere Pablo VI, siendo elegido como sucesor el Cardenal Lamberto con el nombre de Juan Pablo I, el cual ratifica su trato con Inmobiliare, estando Michael convencido de que el propio Pontífice está en peligro de muerte.
Vincent ordena ejecutar al Arzobispo Gilday, a Don Lucchesi y a Kienzig, aunque no puede evitar la muerte de Juan Pablo I.
Durante la ópera, morirá también en su palco Don Altobello tras ingerir una caja de dulces envenenados que le entregó su ahijada, Connie.
Entretanto el asesino contratado para acabar con Michael disparará contra él a la salida de la Ópera, aunque su disparo se desvia y acaba con Mary, que discutía con su padre.
Años después el anciano Michael Corleone muere mientras toma en sol sentado en el jardín de la casa de Don Tommasino en Sicilia.