Jesse tiene ya 17 años y ha conseguido un trabajo de verano en un barco de investigación oceanográfica. Preocupado, investiga el porqué de un misterioso descenso en la población de orcas. Willy también se ha convertido en un joven adulto y ha asumido la responsabilidad de una pareja, Nicky. No muy lejos de ellos, Max, un muchacho de 10 años descubre que su padre se dedica a la caza ilegal de ballenas. Sus próximas capturas podrían ser Willy y Nicky. Pero cuando Jesse y Max se hace amigos, los dos se embarcan en una peligrosa misión para salvar a Willy.
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