El primer cartel de la película que mostraba al marinero Querelle apoyado en una columna con forma de pene, fue prohibido.
A pesar de ser seleccionada en el Festival de Cine de Venecia 1982, el León de Oro fue para la película El estado de las cosas de Wim Wenders, algo que sentó muy mal a Marcel Carné, Presidente del Jurado. Antes de retirarse de su puesto dijo lo siguiente: "Me encantaría hacer una declaración personal. Aun siendo Presidente del Jurado, quiero expresar mi decepción por no haber sido capaz de convencer a mis colegas para colocar a R.W. Fassbinder y su Querelle entre los ganadores. Me he encontrado solo en la defensa de la película. Sin embargo, sigo pensando que, aunque suscite controversia, la película algún día, lo quieran o no, encontrará su lugar en la historia del cine".
Su director, Rainer Werner Fassbinder, murió antes de su estreno (10 de junio de 1982).