Japón, año 1600. Cuando el marinero inglés John Blackthorne aparece en un misterioso barco, su destino quedará ligado al de Lord Yoshii Toranaga. Junto con Lady Toda Mariko, en mitad de un tenso panorama político, tendrán la oportunidad de acabar con la enorme influencia de sus poderosos enemigos.
Desde que en la China de los años sesenta se tomara una decisión fatídica, en el espacio y el tiempo resuenan una serie de señales que en el presente supondrán todo un reto para un grupo de científicos, obligándoles a enfrentarse a la mayor amenaza de la humanidad.