Tras los sucesos ocurridos en la anterior temporada, los habitantes de Sanctum intentan descubrir la manera de poder vivir todos juntos en paz. Los protagonistas tienen que descubrir por si mismo lo que significa vivir de verdad, ya que llevan todo el tiempo sobreviviendo. A su vez, Clarke y compañía empiezan un conflicto con los Discípulos. Estos enigmáticos humanos de otro planeta están convencidos de que Clarke tiene la clave para ganar la última batalla que viene en camino. Además, se explora el misterioso agujero de gusano que une seis planetas entre sí. Uno de ellos la Tierra rehabilitada.