Matar a Ari 1. Después del ataque terrorista, el equipo del NCIS aún trata de superar la muerte de Kate. Ahora, su principar objetivo es reunir toda la información que puedan sobre Ari para tratar de evitar que vuelva a actuar. Por otro lado, mientras trata de luchar contra el sentimiento de culpa por la muerte de la agente, Gibbs recibe la noticia de que el director del NCIS se va y será sustituido por Jenny Shepard (Lauren Holly), una mujer con la mantuvo una relación en el pasado.
S03E02 - Matar a Ari 2
Las cosas se complican para Gibbs cuando Ari rapta a Ducky y decide jugar con él. Después de estar a punto de morir junto a Jenny en un tiroteo, Gibbs está absolutamente decidido a acabar con Ari, y su extraña conexión con Ziva parace ser exactamente lo que necesita para lograrlo.
S03E03 - Juegos Mentales
Matar a Ari 2. Las cosas se complican para Gibbs cuando Ari rapta a Ducky y decide jugar con él. Después de estar a punto de morir junto a Jenny en un tiroteo, Gibbs está absolutamente decidido a acabar con Ari, y su extraña conexión con Ziva parace ser exactamente lo que necesita para lograrlo.
S03E04 - La Guerra de Plata
La guerra de plata. Gibbs y su equipo acuden al cementerio después de recibir un aviso en el que se especifica que han encontrado a un hombre fallecido recientemente en una de las tumbas de la época de la guerra civil. El equipo de NCSI descubrirá que el cadáver es de un sargento, y que según los datos que ha revelado la autopsia, fue enterrado vivo. El teléfono móvil que se encontró cerca de la víctima revelará parte de las causas de este asesinato. Por otra parte el agente David se incorporará como un miembro más del equipo, según informa el director Shepard a Gibbs.
S03E05 - Cambio
Cambio. Cuando un oficial es asesinado a tiros en la autopista, el equipo de NCIS asume la investigación. La primera pista, el hecho que la víctima conducía una doble vida, los lleva a una solución posible del crimen, pero las cosas cambian del todo cuando se descubre un mensaje que la víctima dejó antes de fallecer.
S03E06 - La Web del Voyeur
La web vouyer. El equipo se hace cargo de un extraño caso: la mujer de un Marine ha sido asesinada y retransmitieron el crimen en directo por internet. Las investigaciones los llevan hasta dos amas de casa, que por lo visto ganaban dinero con una web de sexo, y ambas han desaparecido.
S03E07 - Código de Honor
Código de honor. Cuando un niño de seis años informa al NCIS de que su padre ha sido raptado, el equipo pronto descubre que el desaparecido es un comandante que trabajaba en un programa secreto llamado 'Honor' y que él es el único que tiene el código que controla el proyecto. Mientras Gibbs trata de hacerse amigo del chico, el resto del equipo descubre que la sede del proyecto ha sido asaltada y que toda la información ha desaparecido.
S03E08 - Bajo las Mantas
Bajo las mantas. Ziva y Tony ocupan el lugar de dos asesinos a sueldo para tratar de localizar a las personas que los contrataron. Mientras trabaja en el caso, la pareja pasa algún tiempo en una habitación de un hotel de lujo y la atracción entre ellos se manifiesta abiertamente. Gibbs descubre poco después que su equipo no es el único que está trabajando en el caso.
S03E09 - Trampa
Tony es acusado de asesinato y todo el equipo de NCIS decide investigar para esclarecer los hechos y liberar a su compañero de la acusación. Todo comienza cuando aparece un cuerpo mutilado de una mujer y el equipo de NCIS descubre asombrados que todas las pruebas llevan a Tony como principal sospechoso del asesinato. Será Abby la que más ímpetu ponga en limpiar la imagen de su compañero.
S03E10 - El Novato
El novato. Mientras están de servicio, McGee mata a un hombre que resulta ser policía secreta. El director Shepard decide alejar del caso a Gibs y a su equipo y ponerlo en manos de la policía, decisión que provocará la ira de Gibs. Mientras, Tony deberá enfrentarse con su pasado tras recibir una llamada telefónica. Por su parte, todo el equipo de NCSI investigará el caso de McGee para justificar su acción.
S03E11 - Comportamiento Modelo
En un reality show de televisión asesinan a una supermodelo. El equipo de NCSI investiga si fue un suicidio, como las pruebas indican, o hubo una persona detrás de esta muerte. Al comenzar a indagar en los hechos, los investigadores descubren un triangulo amoroso que ha podido tener consecuencias fatales.
S03E12 - Encerrados
Todos los esfuerzos de Gibbs y el equipo de NCSI en este capítulo estarán concentrados en salvar a dos de sus compañeros: Tony y Ziva. Ambos desaparecieron mientras investigaban un caso de armas de contrabando en un astillero. La desesperación llegará cuando Abby descubra por el GPS incorporado en los teléfonos móviles de los agentes que se encuentran fuera del estado.
S03E13 - Engaño
Durmiente. Gibbs y su equipo se enfrentan a un nuevo caso en el que dos esposas de infantes de la marina han aparecido asesinadas. Rápidamente, mediante el estudio de los cadáveres y el resto de pruebas, los investigadores barajan el móvil racial como hipótesis de los crímenes.
S03E14 - Durmiente
Durmiente. Gibbs y su equipo se enfrentan a un nuevo caso en el que dos esposas de infantes de la marina han aparecido asesinadas. Rápidamente, mediante el estudio de los cadáveres y el resto de pruebas, los investigadores barajan el móvil racial como hipótesis de los crímenes.
S03E15 - El Caso de la Cabeza
El equipo de NCSI se enfrentará a un turbio caso de mercancía automovilística ilegal. Todo comienza cuando Gibbs, acompañado de su equipo, descubre en el interior de una tienda ilegal la cabeza de un marine. Los resultados de la investigación sorprenderán a todo el equipo cuando descubran que la tienda está dirigida por marines.
S03E16 - Secreto de Familia
Secreto de familia. Gibbs y su equipo deberán investigar la explosión de una ambulancia que transportaba los restos de un marine fallecido en un accidente de coche. Mediante un exhaustivo estudio forense sobre le ADN, Gibbs descubre que aquellos restos, no pertenecen al marine, y todo apunta a que la familia del supuesto fallecido, oculta algo a la investigación.
S03E17 - Voraz
Voraz. Gibs y su equipo deberán enfrentarse a una nueva investigación cuyo objetivo puede ser un asesino en serie. Todo comienza cuando un grupo de jóvenes que se disponen a disfrutar de la naturaleza acampando en un bosque, descubren una chapa con la identificación de un marine. Tras estudiar el lugar, llegarán a la conclusión de que al marine le acompañaba una mujer. Este caso tiene varias connotaciones que lo unen a un asesino en serie cuyas víctimas, siempre mujeres, son torturadas antes de ser asesinadas.
S03E18 - Cebo
Cebo. El equipo de NCSI, junto con Gibbs, se enfrentará a un complicado caso entre adolescentes. Un joven mantiene secuestrados a los alumnos de un instituto y además amenaza con hacer estallar una bomba. Gibbs y Tony serán quienes actúen en primer plano en este secuestro. Mientras, desde el exterior de la escuela, el resto del equipo deberá controlar la situación.
S03E19 - Congelado
El cuerpo de un marine aparece en un lago congelado, y el equipo de NCSI deberá esclarecer las causas de la muerte. Cuando van a investigar el lugar donde han aparecido los restos del marine, se llevan la desagradable sorpresa de que hay tres cuerpos más con heridas de balas. Pero, tras descubrir durante las autopsias tatuajes similares en los cuatro hombres, los componentes del equipo de NCSI hallarán la conexión del marine con una banda callejera.
S03E20 - Intocable
Intocable. Avisan al equipo de NCSI para que investigue el suicidio de una mujer que trabaja en el pentágono, y que además estaba bajo sospecha de ser una espía. Cuando Gibbs ahonda en las pruebas, se dará cuenta que la joven no estaba sola en el momento de su muerte. El quipo de NCSI utilizará todos sus medios para coger al asesino y desenmascarar a todo aquel que este inmiscuido en todo este asunto de carácter gubernamental.
S03E21 - Baño de Sangre
Baño de sangre. Esta vez, el equipo de NCSI deberá emplearse en proteger a uno de sus miembros. Abby esta siendo acosado por alguien que incluso le ha llevado al borde de la muerte. Mientras está en el laboratorio, Abby respira algo contaminante que le ha podido matar. EL NCSI al completo deberá trabajar a contrarreloj, ya que temen que el acosador pueda asesinar a Abby.
S03E22 - Riesgo
Mientras Ziva interroga a un sospechoso este muere. El equipo de NCSI deberá investigar a Ziva por la muerte del hombre. Todo se complicará aún más cuando Gibbs descubra que el hermano del sospechoso ha secuestrado al director Shepard, y como rescate no pide dinero, sólo a su hermano ya que no sabe que este ha muerto.
S03E23 - Hiatus 1
Hiatus 1. Gibbs resultará gravemente herido en una explosión terrorista. Todo su equipo recibe la noticia con sorpresa y preocupación, pero son conscientes de que deben dejar sus sentimientos a un lado para realizar una efectiva investigación. Mientras, Gibbs, durante su convalecencia, es presa de sus propios recuerdos del pasado que tanto tiempo le costó desechar de su memoria.
S03E24 - Hiatus 2
Gibbs sigue convaleciente tras ser víctima de un atentado terrorista. Su equipo, tras una ardua investigación, averigua que los terroristas planean un nuevo ataque, quizá de las mismas dimensiones del 11-S. Gibbs es el único que de verdad tiene información eficaz acerca del caso, pero tras la explosión sufre amnesia temporal de parte de sus recuerdos. El NCSI al completo trabajará para frenar los objetivos de los terroristas.
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