El último hombre en pie. Con Leon Vance como nuevo director del NCIS y el antiguo equipo disuelto y enviado a diferentes misiones, Gibbs tiene que aprender a trabajar con los nuevos agentes asignados a su equipo. Entre ellos podría encontrarse un traidor y descubrirle será la misión del director y su equipo encubierto. Gibbs descubrirá que las apariencias engañan.
S06E02 - Agente a Bordo
Agente a floteEl departamento vuelve a recobrar la alegría con el regreso de Ziva y McGee, pero DiNozzo aún está destinado en un buque de la Marina y su regreso no está previsto hasta dentro de unas semanas. Sin embargo, el supuesto suicidio de un oficial en el barco en el que viaja lleva al agente a retomar la relación con sus antiguos compañeros.
S06E03 - Ofensa Capital
Teniente desconocidaEl equipo de NCSI acude al lugar donde se ha encontrado el cuerpo de una mujer, vestida de marine, con claros signos de haber sido violada y asesinada. Después de que Dcuky analice y estudie los restos mortales de la víctima, Gibbs comienza a notar que su compañero se comporta de forma extraña y reservada. Tras hablar con él, Ducky confiesa que los resultados de las pruebas efectuadas en el cuerpo, y los signos que presentaba la mujer, son idénticos a los que presentó otro cadáver hace diez años y cuyo asesino nunca fue atrapado.
S06E04 - Zona de Influencia
Depósito de huesosEl cuerpo sin vida de un civil es encontrado en una base de la marina. Cuando el equipo de NCIS acude al lugar, y al comenzar la investigación, descubren que toda la zona ha sido el objetivo de las extorsiones de la mafia desde hace mucho tiempo. A su vez averiguan que la verdadera víctima tenía que haber sido el agente Fornell del FBI, ya que este había actuado como espía para los mafiosos. Cuando Gibbs comienza a interrogar a Fornell este lo niega todo en rotundo.
S06E05 - Nueve Vidas
Permiso Terminal. Un veterano de guerra es víctima de un atentado. Sin embargo, y tras lograr salvarse, sigue siendo perseguido por varios terroristas que planean su muerte. El equipo de NCIS, con Gibbs al frente, pide a la agente del FBI Lina Reyes que les deje intervenir en la investigación. Ella se muestra resistente y poco convencida de que otro equipo colabore en este caso. La agente cambiará de opinión cuando descubra el alto riesgo que existe de nuevos atentados terroristas en la ciudad.
S06E06 - Asesinato 2.0
El corazón roto. Mientras un comandante de la marina esta siendo sometido a un trasplante de corazón, comienza a arder espontáneamente con el lógico fallecimiento del hombre. El equipo de NCSI comienza a investigar todos los vértices de este caso, incluso se llegan a plantear dudas exotéricas. Sin embargo, Abby comenzará a pensar que lo sucedido en el quirófano fue un terrible asesinato, e intentará atrapar a la persona responsable de aquél crimen atroz.
S06E07 - Daño Corateral
El director Leon asigna a Gibbs un nuevo agente temporal a sus espaldas. El joven, preparado para el trabajo, no cuenta con el beneplácito de sus compañeros. Sin embargo, el equipo debe permanecer unido ante la investigación de un atraco en un banco situado en las dependencias navales. El asalto, que se ha cobrado una víctima mortal, muestra unas características que no responden al mero interés económico.
S06E08 - Capa
Tras lo ocurrido con el agente Langer y sus intenciones de robar documentos confidenciales sobre respuestas a ataques procedentes de Asia y Oriente Medio, Gibbs ordena a su equipo que planeen un simulacro secreto de asalto a una base naval impenetrable. De esta manera, conocerán cómo mejorar la seguridad. Sin embargo, alguien muy cercano sufrirá las consecuencias de este plan encubierto.
S06E09 - Daga
Después de revelarse el verdadero interés de la agente Lee por DOMINO, el documento confidencial del ejército que contiene su plan de respuesta a posibles ataques, Gibbs traza un plan para atrapar al secuestrador de la hija de la agente. Sin embargo, los resultados de las pruebas que deja el carcelero hacen sospechar a Gibbs que Lee no está contando toda la verdad.
S06E10 - Atropello Mortal
Entrada Forzada. El equipo de NCSI acude al hogar de un infante de la marina después de recibir un aviso. Allí encuentran a la esposa del marine, que ha matado a un hombre que irrumpió en la casa e intento violarla. Gibbs inicia la investigación y descubre que la mujer tenía una doble vida en Internet, donde se refugiaba mientras su marino se encontraba en el mar. También descubrirá que en la red anda suelto un violador y asesino en serie, que utiliza las nuevas tecnologías para encontrar a sus víctimas.
S06E11 - Noche de Paz
Agua negra. Gibbs y su equipo acuden a un lado en el que ha aparecido en el fondo el cuerpo sin vida de un marine que desapareció dos años atrás. A su vez el equipo de NCIS aceptará que colabore con ellos un detective privado, que insiste en hacerlo a cambio de facilitarles información. El transcurso de la investigación cambiará repentinamente cuando encuentren una bala en el coche de la víctima, que convertirá el caso en la búsqueda incesante del asesino.
S06E12 - Enjaulado
Puzzle de carne. Ducky esta impactado y sorprendido tras averiguar la identidad de tres cuerpos que aparecieron mutilados meses atrás. Las víctimas son el sheriff y el fiscal que intervinieron en un caso sobre un violador y asesino, diez años atrás. Cuando Gibbs se entera de las identidades, sospecha que Ducky y su madre senil pueden ser las próximas víctimas, por lo que ordena al resto de su equipo proteger a su compañero. Sin embargo, durante un descanso, Ducky es secuestrado y Gibbs deberá encontrar al secuestrador, y posible asesino, antes de que sea demasiado tarde.
S06E13 - Pajaro Roto
Doppelgünger. Un teleoperador relata al equipo de NCIS que, mientras el buscaba nuevos clientes y a través de una llamada telefónica, escucho un posible asesinato de un oficial. Gibbs junto con sus compañeros, trabajarán junto a otros funcionarios de Virginia locales, cuyo modo de trabajar es similar al suyo. Gracias al empleo de técnicas informáticas, Abbey y McGee descubren que aquel ?ataque? era una broma pesada, pero los descubrimientos posteriores darán un nuevo rumbo a la investigación.
S06E14 - Guerra y Amor
Testigo. El equipo de NCIS deberá investigar el asesinato de un marinero con la principal prueba del testimonio de una mujer que dice haberlo presenciado.Gibs ante la falta de pruebas le pasa el caso a Mc Gee, que piensa que el relato de la mujer es suficiente para seguir la investigación, aunque a veces el ojo humano no encuentre todo lo que se esconde detrás de una historia.
S06E15 - Liberacion
Nueve vidas. Una mujer halla el cuerpo sin vida de su vecino, un marine que había sido torturado con diversas herramientas. El equipo del NCIS encuentra huellas de otro marine en el lugar del crimen. Cuando acuden en su búsqueda, descubren que es el único testigo custodiado por el FBI en un caso contra Azari, un peligroso mafioso responsable de un gran número de crímenes.
S06E16 - Rebote
Asesinato 2.0. Un hombre aparece muerto en una base naval con la dirección de una página web en la boca. El equipo de Gibbs rastrea el sitio y descubren el video del asesinato y pistas para hallar otro cuerpo. Al llegar a la segunda escena del crimen, Gibbs descubre en la boca de esta víctima un mensaje para él. El asesino en serie le sigue de cerca.
S06E17 - Ir Sursuroeste
Atrapado en una cinta. Un marinero graba en un vídeo su propio asesinato. La cinta recoge como el hombre cae sobre una roca durante un viaje en compañía de su mujer y su mejor amigo. El equipo de NCIS deberá investigar sobre el caso. Gibbs interrogará a la esposa y al ?amigo? para descubrir si son o no amantes. Pero justo después ella reconstruirá la cámara rota durante la caída, y la investigación adquirirá un nuevo punto de vista.
S06E18 - Fuera de Combate
Estrella del pop. Un camarero, de un club de baile, se encuentra en su cama por la mañana a una mujer que no es con la que se fue a dormir y que además está muerta. El equipo de NCSI investiga sobre esta extraña mujer que ha sido brutalmente asesinada. Todo conducirá a Jade la hermana de la fallecida y, que además es cantante en el club de baile y rival del camarero.
S06E19 - Juego de Escondite
Ojo por ojo. Un marinero recibe un paquete procedente de Paraguay que contiene dos globos oculares azules. El equipo de NCSI investigará este caso y pronto comenzarán a seguir el rastro de un antiguo Agente Secreto Naval que se ha convertido en un contratista privado desarrollando su labor en aquel país. Ayudado por su equipo, Gibbs descubre que el agente está implicado en actividades ilegales y enviará a Tony y Kate para realizar la detención a Paraguay.
S06E20 - Estima
Cera para bikinis. Esta vez el equipo de NCIS investiga la muerte de una chica que ha aparecido entre los bastidores de una competición local de bikini. Gibbs y sus compañeros recrearán todas las actividades de la chica hasta la hora de su muerte. Buscarán a un posible culpable, un cazador que ese día había sido liberado de prisión. Cuando todo comienza a encajar, la autopsia revela que la chica está embarazada y todo apunta a los celos como posible causa del asesinato.
S06E21 - Toxico
Abby es retenida por el FBI para que colabore en uno de sus proyectos. Su trabajo consiste en acabar el estudio de un científico que ha desaparecido sin dejar rastro y que puede acabar con muchas vidas si no se termina a tiempo. Gibbs trata de que Abby regrese al laboratorio ya que desconfía del proyecto y teme por su seguridad.
S06E22 - Leyenda (1)
Encubrimiento . Tras lo ocurrido con el agente Langer y sus intenciones de robar documentos confidenciales sobre respuestas a ataques procedentes de Asia y Oriente Medio, Gibbs ordena a su equipo que planeen un simulacro secreto de asalto a una base naval impenetrable. De esta manera, conocerán cómo mejorar la seguridad. Sin embargo, alguien muy cercano sufrirá las consecuencias de este plan encubierto.
S06E23 - Leyenda (2)
Teoría de la conspiración. Un oficial aparece muerto y todo apunta a un posible suicidio, sospechas que se reafirman cuando el equipo de NCSI descubre que la víctima estaba siendo tratada debido a una depresión. Sin embargo, las declaraciones de Duky darán un nuevo rumbo a la investigación ya que todo hará pensar en un posible asesinato cuyo móvil podría ser un triángulo amoroso. El agente Fornell, del FBI, será un personaje clave en la investigación del caso.
S06E24 - Semper Fidelis
Célula Roja. Gibbs y su equipo deberán investigar el asesinato de un joven marine tras ser encontrado su cuerpo en el campus de la Universidad. La investigación pronto dará frutos y pondrá al equipo de NCSI en la pista de un sospechoso, que al poco tiempo aparecerá asesinado. Abby y McGee descubrirán entonces unos correos electrónicos algo sospechosos que aluden a una misteriosa célula roja.
S06E25 - Aliyah
El héroe local. Gibas y su equipo trabajarán para averiguar el nombre de un médico de la Marina que ha sido asesinado en Irak. El médico había salvado multitud de vidas antes de que fuera asesinado mientras cumplía con su deber pero, al registrar sus posesiones, encontrarán el cadáver de una mujer en uno de sus armarios.
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