Los acontecimientos han cogido por sorpresa a Elliot y la sociedad F. El ejército oscuro les ha traicionado. Provocando todo un caos, con el FBI, de por medio, la revolución parece haber acabado.
No así para Elliot. El protagonista, junto al resto de hackers está dispuesto a seguir peleando y que la revolución no acabe aún. Elliot es consciente de que debe enfrentarse a un doble enemigo: E Corp y el ejército oscuro, pero está decidido a hacer que, esta vez, no uno sino dos oponentes sean derrocados para siempre.