La segunda temporada de Blindspot comienza con Jane siendo violentamente interrogada por la CIA. Accede a convertirse en una agente triple. Jane consigue escapar de la CIA tras tres meses de encierro. Kurt y los demás compañeros del FBI averiguan que ha escapado cuando se lo cuenta Nas Kamal, una agente secreta de la NSA. Nas ha seguido el caso de Jane y se une al FBI para encontrarla. En esta temporada se desvelarán detalles importantes de la antigua identidad de Jane Doe.